El capitán de la selección argentina es uno de los mejores atacantes del mundo, mide 2,05 según datos oficiales de la Liga Mundial 2006 y es el opuesto titular indiscutido. Nació el 22 de diciembre de 1971 en San Martín, Buenos Aires. Desde muy chico se interesó por los deportes, fútbol y basquet, a los 17 años probó con el voley en Deportivo Ballester, hasta que en 1990 paso a uno de los clubes mas destacados de Argentina, Obras Sanitarias, un año mas tarde fue llamado a la selección mayor luego de un breve paso por la juvenil en 1989. Jugó el Sudamericano juvenil en Catamarca (perdió la final con Brasil) y el mundial de Egipto, con la mayor el Panamericano de La Habana (tercer puesto).

Su paso a Europa comenzó en 1992, Uliveto Tomei Livorno de la A2 italiana fue su primer experiencia, en 1995 regresó al continente para jugar Brasil con Cocamar Paraná, una temporada mas tarde con Chapeco San Pablo y luego su paso triunfal con Olympikus donde perdió la final del campeonato contra el equipo de su amigo Javier Weber, ULBRA. En 1999 volvió a Italia para jugar en el poderoso Sisley Treviso donde no tuvo un gran paso y el la siguiente temporada recaló en el humilde Asystel Milano, allí Marcos se volvió a vestir de héroe para llevarlo a una inesperada final ante su ex equipo, Sisley Treviso, derrotando en cuartos a Macherata y en semifinales a Cuneo que había sido el mejor de la fase regular. En el 2004 se fue al Olympiakos de Grecia. Ahora firmó con Cimed Florianólis de Brasil para la siguiente temporada.

Con la selección mayor Milinkovic ganó la medalla de oro en los Juegos Panamericanos de Mar del Plata 1995, en semifinales superó a Venezuela en un partido muy sufrido a pesar de la superioridad del equipo argentino y en la final cuando parecía que Estados Unidos se lo llevaba Argentina recuperó tres pelotas claves para festejar y conseguir la única medalla de oro del vóley masculino. Fue el atacante de mejor efectividad en el Mundial de Japón en 1998 a pesar de ocupar el puesto 11. Otra gran actuación argentina lo tuvo como principal figura en el cuarto puesto conseguido en los Juegos Olímpicos de Sydney 2000, la inolvidable victoria ante el superpoderoso Brasil con su bloqueo sobre Dante para cerrar el partido y dejar esa jugada grabada entre las mas importantes de la historia del vóley argentino.

En las Ligas Mundiales fue máximo anotador en las fases clasificatorias de 1996, 1997 y 2000, y jugó en la fase final en Mar del Plata en 1999 consiguiendo la mejor ubicación para Argentina con un sexto puesto gracias a la localía que le permitió jugar esa fase. En el Mundial de Argentina en 2002 se coronó como el mejor jugador del torneo, el equipo finalizó en el sexto puesto luego de caer en cuartos de final 3-1 con Francia, ganarle a Grecia 3-0 y caer en tie-break ante Italia por el quinto puesto en un Luna Park repleto que vio a Milinkovic sentado en el banco en los momentos decisivos, en su lugar ingresó Santiago Darraidou. En el 2006 jugó la Liga Mundial con Argentina y finalizó en la decimotercera ubicación en el mundial de Japón.